सुपर्णा भारत के जॉर्ज इंस्टीट्यूट फॉर ग्लोबल हेल्थ में पोषण विभाग का नेतृत्व कर रही हैं और उनके पास नैदानिक, शैक्षणिक और अनुसंधान पोषण विशेषज्ञ के रूप में 27 वर्षों का अनुभव है। टीजीआई में शामिल होने से पहले, उन्होंने इंडियन इंस्टीट्यूट ऑफ पब्लिक हेल्थ, दिल्ली, पब्लिक हेल्थ फाउंडेशन ऑफ इंडिया में प्रोफेसर और प्रमुख, सामुदायिक पोषण के विभाग में कार्य किया। टीजीआई में, वह सक्रिय रूप से खाद्य प्रणालियों, उनके चालकों, खाद्य सुरक्षा, खाद्य और पोषण नीति, आहार विविधता और कमजोर समुदायों में महिलाओं और बच्चों की पोषण स्थिति, और गैर रोगो की प्राथमिक और माध्यमिक रोकथाम के लिए पोषण चिकित्सा अनुसंधान परियोजनाओं पर सकरीये है। वह इंपीरियल कॉलेज लंदन के साथ साझेदारी में टीजीआई में गैर-संचारी रोगों और पर्यावरण परिवर्तन के लिए एनआईएचआर द्वारा वित्त पोषित वैश्विक स्वास्थ्य अनुसंधान केंद्र की खाद्य प्रणाली शाखा का नेतृत्व कर रही हैं। वह 3 वर्ष से कम उम्र के बच्चों में पोषण की स्थिति में सुधार के लिए टेक-होम राशन (एकीकृत बाल विकास सेवाओं (आईसीडीएस) के तहत) के रूप में बेहतर पूरक आहार कार्यक्रम की प्रभावशीलता का आकलन करने के लिए एक बहु-केंद्रीय परीक्षण के सह-प्रमुख जांचकर्ताओं में से एक हैं।
सुपर्णा ने अपने करियर की शुरुआत एक क्लिनिकल न्यूट्रिशनिस्ट के रूप में की थी। उनके पीएचडी शोध का उद्देश्य एक परामर्श मॉड्यूल विकसित करना था उन बच्चो के लिए जिनके माता पिता की ह्रदय रोगो का इतिहास था। उन्होंने वेस्टमीड के चिल्ड्रेन हॉस्पिटल में वेस्टर्न सिडनी जेनेटिक्स प्रोग्राम के साथ फेनिलकेटोनुरिया में पोषण संबंधी पूरकता पर एक नैदानिक परीक्षण का समन्वय किया है। मेडिटरेनीयन आहार के भारतीय अनुकूलन अध्ययन में, वह प्रमुख रूप से आहार और पोषण मूल्यांकन के लिए उपकरण और प्रोटोकॉल के विकास का नेतृत्व कर रही हैं।
वह भारत सरकार के विज्ञान और प्रौद्योगिकी मंत्रालय के जैव प्रौद्योगिकी विभाग के तहत सार्वजनिक स्वास्थ्य और पोषण के लिए संचालन समिति की एक विशेषज्ञ सदस्य हैं। उन्होंने राज्य में मातृ नवजात शिशु और शिशु मृत्यु दर और कुपोषण को कम करने के लिए भारत के मध्य प्रदेश राज्य सरकार द्वारा गठित टास्क फोर्स के सदस्य के रूप में भी काम किया है। उन्होंने भारत में 5 वर्ष से कम उम्र के बच्चों में गंभीर कुपोषण के समुदाय-आधारित प्रबंधन के बारे में नीति की जानकारी देने के लिए एक बहु-केंद्र अध्ययन के लिए तकनीकी कोर समूह के सदस्य के रूप में कार्य किया है।